Link es un joven granjero de 17 años que vive en Ordon, una apacible aldea de carácter campestre asentada en un acogedor valle. Allí es apreciado por todo el mundo, tanto que algunos le ven como el futuro líder de la aldea, y los niños del pueblo le tratan en ocasiones como un héroe o una figura ejemplar. Siendo este su estatus social, el alcalde le encomienda asistir a un Consejo en Hyrule en representación de la aldea, y llevar un obsequio a la Familia Real.
Sin embargo, el día de su partida, las afueras de la aldea son atacadas por seres endemoniados montados sobre unos mounstros procedentes del Bosque de Farone, cuyas fronteras lindan con Ordon. Estos jinetes secuestran a los niños del pueblo. Link, al verse comprometido a ello, persigue a los captores. Sin embargo, cuando se interna en el bosque lo ve totalmente distinto... Y repentinamente cae desmayado tras transformarse en lobo. Cuando despierta en unos calabozos, se aparece ante él Midna, una extraña joven que dice ser un "Ser del Crepúsculo". Midna promete ayudar a Link si este la sigue.
Tras escalar la azotea de un gran castillo, Midna presenta a Link a la mismísima princesa Zelda, regente actual del Reino de Hyrule. Esta cuenta como Hyrule se está fusionando con el "Twilight Realm", una oscura dimensión, por obra de Zant, 'Rey' del Crepúsculo. Pide ayuda a Link y Midna para restablecer lo que antes fue la tierra de los dioses, actualmente poblada por seres demoniacos, grotescos y malévolos, los cuales han sumido a Hyrule en la obscuridad total.
